Ngoài tượng Phật bà nghìn mắt nghìn tay, hai kiệt tác điêu khắc khác nữa làm thành một bộ ba tác phẩm danh bất hư truyền là tượng Tây Thiên Đông Độ Việt Nam lịch đại Tổ sư và tượng Thị Kính. Pho tượng Tuyết Sơn ở đây cũng là một kiệt tác của thế kỷ 17.

Ngoài ra, trong chùa có hơn 70 pho tượng gỗ được tạc trong tư thế quỳ, đứng, ngồi với nét mặt thành kính trông rất sinh động như pho tượng Kim Đồng - Ngọc Nữ; tượng La Hán thể hiện cảm xúc nội tâm, mang nặng ý tưởng Phật giáo.

Phủ thờ nằm sau Phật điện là ngôi nhà 5 gian có hai pho tượng đáng chú ý. Hai pho tượng này là chân dung hoàng hậu Trịnh Thị Ngọc Trúc đầu đội vương miện nhưng khoác áo tu hành, và công chúa Ngọc Duyên. Cả hai pho tượng đều ngồi theo dáng toạ thiền.

Tượng cổ thường có xu hướng rỗng lõi, nhiều nơi đã bơm các hóa chất đặc vào trong, như vậy sẽ làm pho tượng hỏng nhanh trong tương lai, chỉ có thể lấy gỗ mít cũ, nghiền ra mùn cưa trộn với sơn ta và đất phù sa nhét vào chỗ rỗng thì bền lâu. Hiện tại chất lượng kỹ thuật của các tượng Phật Bút Tháp không đồng đều. Những tượng gỗ vẫn còn tốt, những tượng lõi gỗ với chi tiết đắp đất phủ sơn bong tróc nhiều. Những tượng đất phủ sơn hoàn toàn xuống cấp nặng. Những pho tượng được sơn mới và trùng tu đều có xu hướng hỏng, và hỏng từ bên trong do màng sơn mới làm tượng không thở được[1].

Từ thượng điện, đi qua một chiếc cầu đá có ba nhịp uốn cong dẫn đến ngôi nhà gọi là Tích Thiện am. Trên cầu có 12 bức phù điêu đá chạm chim muông hoa lá. Tích Thiện am là một ngôi nhà có ba tầng mái. Trong Tích thiện am, có cây Cửu Phẩm Liên Hoa, là một tháp bằng gỗ 9 tầng, 8 mặt, có thể quay tròn quanh một trục, có gắn tượng Phật và chạm những cảnh dân gian hay lấy đề tài trong Phật thoại.